Mons. Vukšić premješten je iz Vojnog ordinarijata za BiH, a u kojem će mons. Vukšić istovremeno biti Apostolski upravitelj. 

Msgr. Vukšića prvim vojnim ordinarijem u Bosni i Hercegovini imenovao je papa Benedikt XVI. u veljači 2011. godine. 

Budući da je prvi vojni ordinarij u povijesti BiH te da Vojni ordinarijat BiH još nema vlastitu rezidenciju, Vukšić od imenovanja privremeno boravi u vrhbosanskom bogoslovnom sjemeništu u Sarajevu, gdje je stanovao i kao profesor na KBF-u.

U posljednje dvije godine biskup Vukšić se, u nekim medijima koji se pozivaju na crkvene izvore, spominje i kao mogući novi vrhbosanski nadbiskup.